세무조사 대응 성공 사례 — 과세전적부심사로 추징 전액 취소된 과정

세무조사가 끝난 뒤 과세예고통지서를 받았다면 결과를 바꿀 방법은 없는 걸까요?

반드시 그렇지는 않습니다.

과세예고통지서는 세금이 최종 확정된 단계가 아니기 때문에, 조사 과정에서 충분히 반영되지 않은 사실관계나 추가로 제출할 자료가 있다면 결과가 달라질 수도 있습니다.

실제로 과세예고 단계에서 추가 소명과 불복 절차를 통해 추징세액이 조정되는 사례도 적지 않습니다.

이번 사례 역시 정기 세무조사 후 외주비와 특수관계인 거래를 이유로 약 4억 3천만원의 추징을 예고받았지만, 과세전적부심사를 통해 추징 전액이 취소됐습니다.

※ 의뢰인 보호를 위해 업종, 거래 내용 및 일부 사실관계는 조정했습니다.

사례 핵심 요약

의뢰인이 처한 상황 — 정기 세무조사 후 약 4억 3천만원 추징 예고

의뢰인은 생활용품을 유통하는 중소법인이었습니다.

정기 세무조사 과정에서 외부업체에 지급한 외주비와 지급수수료 일부가 실제 업무와 관련된 비용인지가 쟁점이 됐습니다.

계약서와 세금계산서, 계좌이체 내역은 제출했지만, 외주업체가 어떤 업무를 수행했는지 확인할 자료가 충분하지 않다는 이유였습니다.

특수관계인이 운영하는 업체에 지급한 물류 및 영업지원 용역비 역시 실제 거래 여부와 지급 금액의 적정성이 문제 됐습니다.

조사가 끝난 뒤 회사는 법인세와 부가가치세를 합해 약 4억 3천만원의 과세예고통지서를 받았습니다.

의뢰인은 세무조사 과정에서 필요한 자료를 대부분 제출했다고 생각해 더 이상 대응이 어렵다고 판단했습니다.

하지만 과세예고통지서를 검토한 청담택스매니지먼트는 조사 당시 제출되지 않은 업무자료와 거래처 확인자료가 남아 있다는 점을 확인했고, 과세전적부심사 대응을 진행하기로 했습니다.

청담택스매니지먼트가 파악한 핵심 쟁점

과세예고통지서를 검토한 청담택스매니지먼트는 먼저 조사관이 어떤 근거로 비용을 부인했는지 거래별로 다시 분석했습니다.

검토 결과 모든 거래가 동일한 사유로 문제 된 것은 아니었습니다.

외주비 일부는 실제 업무가 있었음에도 이를 확인할 수 있는 자료가 조사 단계에서 충분히 제출되지 않았고, 특수관계인 거래는 실제 용역 제공 여부보다 거래의 필요성과 지급 금액의 적정성이 쟁점이 된 것으로 확인됐습니다.

이에 따라 문제 된 거래를 하나씩 다시 검토한 결과, 추가 자료를 확보하면 충분히 소명이 가능한 거래와 법률적 판단이 함께 필요한 거래가 혼재되어 있다는 점을 확인했습니다.

즉, 이번 사례의 핵심은 모든 비용이 인정되기 어려운 상황이 아니라, 거래별로 문제 된 이유가 달랐고 그에 맞는 대응이 필요했다는 점이었습니다.

과세전적부심사 대응 전략

청담택스매니지먼트는 조사 단계에서 제출했던 자료를 다시 제출하는 방식으로는 결과를 바꾸기 어렵다고 판단했습니다.

이에 따라 조사관이 문제 삼은 사유별로 대응 전략을 다시 설계했습니다.

먼저 거래를 외주비와 특수관계인 거래로 구분한 뒤, 거래별로 부족했던 증빙을 다시 확인했습니다.

외주비는 실제 업무가 수행됐다는 점을 입증하는 데 집중했고, 특수관계인 거래는 거래의 필요성과 지급 금액의 적정성까지 함께 설명할 수 있도록 자료를 보완했습니다.

자료를 확보한 뒤에는 거래별 증빙이 어떤 사실을 입증하는지 의견서에 연결했습니다.

업무 요청 이메일과 업무보고서, 물류 일정표, 내부 결재문서, 용역 수행 자료 등을 거래 흐름에 맞춰 정리하고, 관련 판례와 예규를 함께 검토해 조사 결과와 다른 판단이 가능한 이유를 제시했습니다.

심사 과정에서는 외주업체의 인력 투입 내역과 용역비 산정 기준에 대한 추가 자료 제출 요청이 한 차례 있었습니다.

청담택스매니지먼트는 거래처 확인자료와 보완 의견서를 제출해 조사 단계에서 충분히 반영되지 않았던 사실관계를 추가로 소명했습니다.

결과 - 추징예고 4억 3천만원 전액 취소

과세전적부심사 청구 후 약 80일 만에 심사 결과가 나왔습니다.

추가로 제출한 업무자료와 거래처 확인자료, 금융거래 내역 등이 실제 거래를 입증하는 자료로 인정됐고, 특수관계인 업체 역시 회사에 필요한 용역을 수행한 사실이 받아들여졌습니다.

그 결과 법인세와 부가가치세를 합한 약 4억 3천만원의 추징예고가 전액 취소됐습니다.

의뢰인은 세무조사 당시 제출했던 자료만으로는 부족했던 부분을 보완해 대응할 수 있었고, 세금이 고지되기 전에 결과를 바로잡을 수 있었습니다.

이 사례의 시사점

과세예고통지서를 받았다고 해서 모든 절차가 끝난 것은 아닙니다.

과세예고를 받았더라도 조사 과정에서 반영되지 않은 자료나 사실관계가 있다면 과세전적부심사를 통해 결과가 달라질 수도 있습니다.

특히 다음과 같은 경우라면 대응 가능성을 검토해볼 필요가 있습니다.

• 실제 거래였지만 가공거래로 판단된 경우

• 업무 관련 비용이 손금으로 인정되지 않은 경우

• 특수관계인 거래가 문제 된 경우

• 조사 당시 제출하지 못한 자료가 남아 있는 경우

• 추징예고 금액이 커 사업 운영에 부담이 되는 경우

다만 과세전적부심사는 청구 기한이 정해져 있으므로 통지서를 받은 뒤에는 현재 단계와 남은 기간을 먼저 확인하는 것이 중요합니다.

과세전적부심사는 세금이 고지되기 전에 조사 결과를 바로잡을 수 있는 사실상 마지막 절차이기 때문입니다.

세무조사 절차와 대응 방법이 궁금하다면 「세무조사 대응 총정리」와 「세무조사란?」 콘텐츠를 함께 읽어보시면 전체 흐름을 이해하는 데 도움이 됩니다.

자주 묻는 질문

Q. 과세예고통지서를 받으면 세금이 확정된 것인가요?

아닙니다. 세금이 고지되기 전이라면 과세전적부심사를 통해 과세 내용을 다시 검토받을 수 있습니다.

Q. 세무조사 때 제출한 자료를 다시 제출해도 되나요?

가능하지만 같은 자료만 반복하기보다는 부족했던 증빙을 보완해 제출하는 것이 중요합니다.

Q. 특수관계인 거래는 모두 부인되나요?

아닙니다. 실제 용역 제공 사실과 거래의 필요성, 지급 금액의 적정성이 확인되면 정상적인 비용으로 인정받을 수 있습니다.

Q. 추징예고 금액이 크지 않아도 검토할 수 있나요?

가능합니다. 예상 절감 세액과 확보 가능한 증빙 등을 종합적으로 검토해 대응 여부를 결정하는 것이 좋습니다.

과세예고통지서를 받으셨나요?

세무조사 결과가 나왔다고 해서 모든 대응이 끝난 것은 아닙니다.

과세예고 단계라면 현재 상황에 맞는 대응 방법이 있는지 먼저 확인해보시기 바랍니다.

특히 추징 규모가 크거나 실제 거래가 충분히 반영되지 않았다고 판단된다면 초기 검토가 결과에 영향을 미칠 수 있습니다.

과세전적부심사 이후 진행할 수 있는 이의신청, 심사청구, 심판청구 등 조세불복 절차는 별도 콘텐츠에서 자세히 소개해드리겠습니다.

👉 과세전적부심사 및 세무조사 불복 상담 신청

본 콘텐츠는 실제 상담 사례를 바탕으로 작성되었으며, 의뢰인 정보 보호를 위해 일부 세부 내용을 조정하였습니다. 국세기본법 제81조의15(과세전적부심사), 국세기본법 시행령 제63조의14(과세전적부심사의 청구 등), 국세청 세무조사 및 과세전적부심사 안내 자료, 관련 예규·심판례를 바탕으로 작성되었습니다.