법인 세무조사에서 가장 많이 걸리는 10가지 항목 - 가지급금부터 자기주식까지

법인 세무조사를 앞두고 있다면 가장 궁금한 것은 하나일 것입니다. 우리 회사는 어디에서 문제가 될 수 있을까요?

세무조사에서 문제가 되는 거래가 반드시 특별하거나 복잡한 것은 아닙니다. 매년 반복해 온 비용 처리나 대표자와 법인 사이의 자금거래처럼 익숙한 항목에서 예상하지 못한 세무 문제가 발견되기도 합니다.

이번 글에서는 국세청이 공개한 세무조사 중점검증항목과 국세청 조사국·서울지방국세청 조사4국 출신 세무사들의 실무 경험을 바탕으로, 법인 세무조사에서 우선 확인할 10가지 항목을 정리했습니다. 본문의 10개 항목은 국세청이 발표한 공식 적출 빈도 순위가 아니라, 국세청 공개 검증유형과 법인 세무 실무상 주요 쟁점을 종합해 선정한 항목입니다.

법인 세무조사는 어디서 시작되나요?

법인 세무조사는 매출이 많다는 이유만으로 시작되는 것은 아닙니다. 국세청은 신고성실도와 과거 조사 이력, 거래내용 등을 검토해 조사 대상을 선정합니다. 따라서 법인 규모뿐 아니라 신고내용과 실제 자금 흐름이 일치하는지도 중요합니다.

2026년에도 국세청은 신고성실도와 탈루 혐의 등을 고려해 세무조사를 운영하고 있습니다. 따라서 기업은 매출 규모만을 기준으로 조사 가능성을 판단하기보다 신고내용과 실제 거래, 주요 자금 흐름의 적정성을 함께 점검할 필요가 있습니다.

법인 세무조사 대상 선정 기준

법인 세무조사는 크게 정기조사와 비정기조사로 나뉘며, 조사 대상을 선정하는 기준도 다릅니다.

「국세기본법」 제81조의6에 따라 정기조사는 신고성실도 분석, 장기간 미조사 여부 등을 기준으로 선정합니다. 따라서 탈세 혐의가 없더라도 정기조사 대상이 될 수 있습니다.

반면 비정기조사는 구체적인 탈세제보나 명백한 탈루혐의 자료 등 법에서 정한 사유가 있을 때 실시합니다. 특히 법인의 자금 흐름이나 거래내용에서 탈루 정황이 확인된다면 조사 대상으로 선정될 수 있습니다.

정기조사와 비정기조사의 차이뿐 아니라 세무조사 통지부터 진행 절차까지 궁금하다면, 「세무조사란? 뜻·종류·선정 기준·진행 절차」에서 자세히 확인할 수 있습니다.

가지급금을 연말까지 정리하지 않으면 어떻게 되나요?

법인 세무조사에서 가장 먼저 확인해야 할 항목 중 하나는 회사와 대표자 사이의 자금 흐름입니다.

대표자가 회사 돈을 사용한 가지급금, 대표자가 회사에 입금한 가수금, 법인카드로 결제한 개인 비용은 모두 실제 거래내용과 장부 기록이 일치하는지 확인할 필요가 있습니다.

가지급금이 연말까지 남아 있다고 해서 곧바로 대표자 상여처분이 되는 것은 아닙니다. 다만 대표자가 회사 돈을 개인적인 용도로 사용했다면 가지급금 인정이자가 발생할 수 있고, 회사가 부담한 대출이자의 일부를 비용으로 인정받지 못하는 지급이자 손금불산입 문제도 생길 수 있습니다.

가지급금 인정이자, 1억 원이면 얼마일까요?

대표자가 회사에서 1억 원을 빌린 뒤 1년 동안 갚지 않았다고 가정해 보겠습니다.

이 금액이 업무무관 가지급금에 해당하고 연 4.6%의 당좌대출이자율이 적용된다면, 가지급금 인정이자는 다음과 같이 계산됩니다.

1억 원 × 4.6% = 연간 인정이자 460만 원

연 4.6%는 「법인세법 시행규칙」 제43조 제2항에서 정한 당좌대출이자율입니다.

다만 모든 가지급금에 4.6%가 적용되는 것은 아닙니다. 인정이자는 원칙적으로 가중평균차입이자율을 기준으로 계산하며, 실제 대여기간과 잔액 변동, 이미 받은 이자 등을 고려해야 합니다.

여기에 회사가 대출금까지 보유하고 있다면 세금 문제가 추가될 수 있습니다. 업무무관 가지급금과 관련된 대출이자의 일부를 비용으로 인정받지 못하는 지급이자 손금불산입 문제가 발생할 수 있기 때문입니다.

연말까지 정리하지 않은 가지급금은 상여처분될까요?

가지급금이 연말까지 남아 있다고 해서 무조건 대표자 상여처분이 되는 것은 아닙니다.

대표자가 회사에서 돈을 빌린 사실이 확인되고, 회사도 이를 회수할 채권으로 관리하고 있다면 가지급금 인정이자와 지급이자 손금불산입 여부가 주요 검토 대상입니다.

하지만 장부에는 가지급금으로 기록했더라도 실제로는 대표자에게 지급한 돈으로 판단된다면 해당 금액이 대표자 상여로 처분될 수 있습니다.

따라서 가지급금은 연말까지 정리했는지 여부뿐 아니라 돈을 빌려준 경위와 실제 사용처, 상환 내역 등을 확인해 정상적인 대여금으로 볼 수 있는지 살펴보는 것이 중요합니다.

가수금과 대표자 개인 사용도 함께 점검해야 합니다

가수금은 대표자가 회사 운영에 필요한 돈을 개인 자금으로 빌려줬을 때 발생할 수 있습니다. 따라서 실제로 대표자가 빌려준 돈인지 확인할 수 있도록 자금 출처와 입금 내역을 관리하는 것이 필요합니다.

특히 회사의 매출대금을 대표자 개인 계좌로 받은 뒤, 회사에 입금하면서 가수금으로 처리한 경우에는 주의해야 합니다. 매출을 신고하지 않았다면 매출 누락이 문제 될 수 있고, 정상적으로 신고했더라도 회사 돈을 대표자가 빌려준 돈처럼 처리했다면 가수금의 적정성이 문제가 될 수 있습니다. 또한 대표자 개인 계좌로 회사 매출대금을 받는 행위 자체도 차명계좌 사용 여부 등을 확인해야 할 사안이 됩니다.

법인카드나 법인 계좌로 대표자의 개인 생활비를 결제한 경우도 주의해야 합니다. 회사 업무와 관계없는 지출은 업무무관비용으로 판단돼 법인세 계산에서 비용으로 인정받지 못할 수 있으며, 대표자에게 귀속된 금액은 상여처분 등 추가적인 세금 문제로 이어질 수 있습니다.

비용에서 걸리는 항목 – 업무무관비용, 가공 인건비, 접대비 한도

법인 비용은 장부에 기록돼 있고 영수증이 있다고 해서 모두 인정되는 것은 아닙니다.

세무조사에서는 실제로 지출한 비용인지, 회사 업무와 관련이 있는지, 세법상 증빙과 한도 요건을 충족했는지 등을 확인합니다.

업무무관비용은 어떤 경우에 문제가 될까요?

대표자의 개인 식사비나 가족 여행비처럼 회사 업무와 관계없는 지출을 법인 비용으로 처리했다면 업무무관비용으로 판단돼 손금불산입될 수 있습니다.

이렇듯 법인카드로 결제하고 영수증을 갖췄더라도 회사 업무와 관련이 없다면 비용으로 인정받기 어렵습니다. 중요한 것은 실제로 회사 업무를 위해 지출한 비용인지 여부입니다.

가족에게 지급한 급여도 비용으로 인정될까요?

대표자 가족에게 급여를 지급하는 것 자체가 문제는 아닙니다. 실제로 회사에서 근무했고, 수행한 업무에 맞는 급여를 지급했다면 비용으로 인정받을 수 있습니다.

다만 가족에게 지급한 급여가 세무조사 대상이 됐다면 실제 근무 여부를 확인할 수 있는 자료가 중요합니다.

• 근로계약서와 급여대장

• 담당 업무와 구체적인 직무 내용

• 출퇴근 기록 및 근무일지

• 이메일, 업무보고서 등 실제 업무 결과물

• 급여 지급 계좌내역

근로계약서나 급여대장이 있더라도 실제 근무 사실을 확인하기 어렵다면 가공 인건비로 판단될 위험이 있습니다. 실제로 근무했더라도 업무 내용에 비해 급여가 지나치게 높다면 지급액의 적정성이 별도의 쟁점이 될 수 있습니다.

기업업무추진비는 한도와 증빙을 확인해야 합니다

기업업무추진비는 과거 접대비로 불리던 항목으로, 거래처 접대 등 회사 업무와 관련해 지출한 비용입니다.

기업업무추진비는 적격증빙을 갖췄는지와 세법상 손금산입 한도를 초과했는지를 각각 확인해야 합니다. 법인카드로 정상적으로 결제했더라도 연간 손금산입 한도를 초과한 금액은 비용으로 인정받지 못할 수 있습니다.

2026년 10월 현재 적격증빙 기준금액은 일반 기업업무추진비 건당 3만 원, 경조금 건당 20만 원입니다. 이 금액을 초과하는 지출은 원칙적으로 세법에서 인정하는 증빙을 갖춰야 합니다.

정부는 2026년 세제개편안에서 기업업무추진비의 적격증빙 기준금액을 일반 지출 3만 원에서 5만 원으로, 경조금 20만 원에서 30만 원으로 높이는 방안을 발표했습니다. 2027년 시행을 목표로 추진 중이지만 아직 확정된 것은 아니며, 실제 적용 시기는 개정 시행령에 따라 결정됩니다. 따라서 현재는 기존의 3만 원·20만 원 기준을 적용해야 합니다.

법인카드 사용내역부터 복리후생비, 차량유지비 등 항목별 비용 인정 기준이 궁금하다면 기존 글 「법인 경비 처리 되는 것 vs 안 되는 것 - 접대비·복리후생비·차량유지비」에서 자세히 확인할 수 있습니다.

특수관계 거래에서 걸리는 항목 – 저가 양도, 일감 몰아주기, 자기주식

대표자나 주주, 관계회사 등 특수관계자와 거래할 때는 일반적인 거래보다 가격과 거래조건을 더 꼼꼼하게 살펴봐야 합니다.

특수관계자와 거래했다는 이유만으로 세금이 추가로 부과되는 것은 아니지만 시가보다 지나치게 낮거나 높은 가격으로 거래해 법인의 세금 부담을 부당하게 줄였다면, 부당행위계산 부인이 적용될 수 있습니다.

특수관계자 간 저가·고가 거래, 세무조사에서 문제가 되는 기준은?

「법인세법」 제52조에 따른 부당행위계산 부인은 특수관계인과의 거래로 법인의 조세 부담이 부당하게 감소한 경우 적용할 수 있는 제도입니다.

세무조사에서는 다음 사항을 주로 확인합니다.

「법인세법 시행령」 제88조 제3항은 저가 양도나 고가 매입 등 일부 거래에 대해 시가와 거래가격의 차이가 3억 원 이상이거나 시가의 5% 이상인 경우 부당행위계산 부인을 적용하도록 규정하고 있습니다.

5%·3억 원 기준은 일부 거래 유형에만 적용되며, 거래 유형에 따라 부당행위계산 부인의 적용 요건이 달라집니다. 상장주식 거래에는 별도의 규정이 적용될 수 있습니다.

따라서 부동산이나 비상장주식 등을 특수관계자와 거래했다면 계약서뿐 아니라 거래 당시의 주식·자산 평가자료와 가격 산정 근거를 확보해두는 것이 좋습니다.

관계회사에 일감을 몰아주면 어떤 문제가 생길까요?

관계회사에 일감을 몰아주는 경우에는 법인세뿐 아니라 주주에게 증여세가 발생할 가능성도 살펴봐야 합니다.

「상속세 및 증여세법」에서는 일정한 요건을 충족하는 특수관계법인 간 거래로 수혜법인이 이익을 얻은 경우, 그 이익의 일부를 지배주주와 그 친족이 증여받은 것으로 보아 과세할 수 있도록 규정하고 있습니다.

이를 일감 몰아주기 증여세라고 하며, 실제 과세 여부는 특수관계법인과의 거래비율, 지배주주의 주식 보유비율, 수혜법인의 세후영업이익 등 법정 요건에 따라 달라집니다.

따라서 관계회사 간 거래 비중이 높은 법인은 거래비율과 주주 구성을 확인하고, 수혜법인의 이익을 기준으로 지배주주와 그 친족에게 증여세가 발생할 가능성이 있는지를 검토해야 합니다.

자기주식 취득 목적에 따라 세무 판단이 달라집니다

법인이 주주환원이나 주주 지분 정리, 경영권 승계 등을 목적으로 자기주식을 취득하는 경우가 있습니다.

이때는 자기주식을 취득한 목적과 거래 방식, 취득가격의 적정성, 주주에게 지급한 대금의 세무상 성격을 살펴봐야 합니다.

현행 세법에서는 자기주식 취득 목적과 거래의 실질에 따라 주주에게 지급한 대금이 주식 양도대가인지, 의제배당에 해당하는지 판단합니다. 이에 따라 주주에게 적용되는 세금과 법인의 세무처리가 달라질 수 있습니다.

2026년 세제개편안에서는 이러한 자기주식 과세방식을 변경하는 방안이 제시됐습니다.

정부안에 따르면 법인이 자기주식을 취득할 때 취득 목적과 관계없이 원칙적으로 주주에게 의제배당으로 과세하게 됩니다. 주주가 회사에 주식을 팔고 받은 대금을 단순한 주식 양도대가가 아닌 배당소득으로 과세한다는 의미입니다.

또한 회사가 보유한 자기주식을 다시 처분하면서 발생한 이익이나 손실은 법인세 계산에 반영하지 않도록 했습니다.

증권시장에서 일반적인 방식으로 자기주식을 매입하는 경우는 의제배당 과세 대상에서 제외됩니다. 반면 시간외 대량매매 등 일부 거래 방식은 이러한 예외가 적용되지 않을 수 있어 구분이 필요합니다.

정부가 제시한 적용 시기는 2027년 1월 1일 이후 자기주식 취득분과 처분분부터입니다. 2026년 10월 현재 개정안은 확정되지 않았으며, 실제 시행 여부와 적용 시기는 최종 입법 결과에 따라 달라질 수 있습니다.

매출·부가세에서 걸리는 항목 – 현금매출, 플랫폼 매출 대사, 가공 세금계산서

매출 누락은 법인세뿐 아니라 부가가치세 추징으로도 이어질 수 있습니다.

특히 현금매출과 카드매출, 배달앱·온라인 플랫폼 매출이 모두 발생하는 법인은 실제 매출액과 신고금액 사이에 차이가 없는지 확인하는 것이 중요합니다.

현금매출 누락은 어떻게 확인할까요?

현금으로 받은 매출을 장부에 기록하지 않거나 일부만 신고한 경우에는 법인세와 부가가치세가 같이 추징될 수 있습니다.

세무조사에서는 현금영수증 발급 내역, 사업용 계좌 입금액, 매입·재고자료, 카드매출 등을 비교해 신고하지 않은 매출이 있는지 확인할 수 있습니다. 특히 매입 규모나 재고 변동에 비해 신고 매출이 지나치게 적다면 그 차이가 발생한 이유를 살펴볼 수 있습니다.

고객에게 받은 매출대금을 대표자 개인 계좌로 입금한 경우에는 더욱 주의해야 합니다. 해당 금액이 법인 매출로 제대로 신고됐는지뿐 아니라 이후 법인 계좌로 이체됐는지, 장부에는 어떻게 처리됐는지가 확인 대상이 될 수 있기 때문입니다.

따라서 현금매출이 발생하는 법인은 실제 수납금액과 신고 매출액의 차이를 확인하고, 대표자 개인 계좌로 받은 사업 관련 대금이 누락되지 않았는지를 점검해야 합니다.

배달앱·카드 매출은 어떻게 검토해야 할까요?

배달앱이나 온라인 플랫폼을 이용하면 고객이 결제한 금액과 실제 법인 계좌에 입금되는 금액이 다를 수 있습니다. 플랫폼 수수료와 환불 금액이 차감되거나 결제일과 정산일 사이에 차이가 발생하기 때문입니다.

예를 들어 고객 결제금액이 1,100만 원인데 수수료 100만 원을 제외한 1,000만 원만 입금됐다면, 입금액만 매출로 신고할 경우 실제 매출이 누락될 수 있습니다. 거래 구조에 따라 고객 결제금액을 기준으로 매출을 인식하고, 플랫폼 수수료는 별도의 비용으로 처리해야 합니다.

세무조사에서는 플랫폼 주문·결제 내역, 취소·환불 자료, 카드매출, 현금영수증, 정산명세서, 계좌 입금액 등을 비교해 신고 매출이 적정한지 확인할 수 있습니다.

이 과정에서 결제일과 정산일의 차이로 매출이 잘못된 기간에 반영됐는지, 수수료를 차감한 입금액만 매출로 신고했는지, 플랫폼 매출에 포함된 카드 결제금액을 중복으로 신고했는지 등을 살펴볼 수 있습니다.

가공 세금계산서가 적발되면 어떤 세금이 추징될까요?

실제 재화나 용역을 공급받지 않았는데 세금계산서만 발급받아 매입으로 신고했다면 부가가치세와 법인세가 함께 추징될 수 있습니다. 거래대금이 실제로 누구에게 귀속됐는지에 따라 대표자 등의 소득세 문제로도 이어질 수 있습니다.

세목별로 발생할 수 있는 주요 세무상 문제는 다음과 같습니다.

예를 들어 실제 물품을 구매하지 않았는데 세금계산서를 받아 매입세액을 공제하고 비용까지 처리했다면, 공제받은 부가가치세와 비용 처리로 줄어든 법인세가 모두 문제가 될 수 있습니다.

여기에 거래대금이 법인 밖으로 빠져나갔고 그 귀속이 확인되지 않는다면 대표자에 대한 상여처분 등 추가적인 세무 문제가 발생할 수 있습니다.

세무조사에서는 세금계산서 발급 여부만 확인하는 것이 아니라 실제 거래가 있었는지, 물품이나 용역이 공급됐는지, 대금이 정상적으로 지급됐는지도 살펴봅니다.

따라서 정상적인 거래라면 세금계산서와 함께 계약서, 납품자료, 업무 결과물, 대금 지급내역 등을 확보해 실제 거래 사실을 입증할 수 있어야 합니다.

신고 전 자가점검 체크리스트 10개

앞서 살펴본 10가지 항목을 기준으로 우리 회사의 신고내용과 거래 증빙을 점검해 보세요.

추징 가능 세목은 거래 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.

체크리스트에 해당하는 항목이 있다고 해서 반드시 세금이 추징되는 것은 아닙니다. 실제 거래는 정상적으로 이루어졌지만 증빙이 부족한 경우도 있고, 반대로 장부와 신고내용 자체를 수정해야 하는 경우도 있습니다.

특히 같은 문제가 여러 사업연도에 걸쳐 반복됐다면 해당 거래가 발생한 시점부터 회계처리와 신고내용을 살펴볼 필요가 있습니다.

오류를 발견했다면 수정신고와 조사 대응 중 무엇을 선택해야 할까요?

자가점검에서 문제가 발견됐다면 먼저 실제 세금 신고가 잘못된 것인지, 거래를 입증할 자료가 부족한 것인지 구분해야 합니다. 확인된 문제의 성격과 세무조사 진행 여부에 따라 대응 방법이 달라지기 때문입니다.

수정신고를 한다고 해서 세무조사 가능성이 사라지는 것은 아닙니다. 과소신고가산세 감면 여부는 수정신고 시점과 과세관청이 세액을 경정할 것을 미리 알고 신고한 것으로 볼 수 있는지 등에 따라 달라집니다. 따라서 세무조사 통지를 받았다면 수정신고 가능 여부와 가산세 감면 요건을 검토해야 합니다.

반대로 실제 신고 오류가 확인됐는데도 수정하지 않고 방치하면 추가 세금과 가산세 부담이 커질 수 있습니다.

따라서 자가점검 결과는 신고 오류, 증빙 부족, 세법 해석 문제로 나누어 판단하고, 이미 세무조사가 시작됐거나 통지를 받은 경우에는 조사 진행 상황까지 고려해 대응 방향을 정해야 합니다.

세무조사에 대비하고 있다면 조사 통지가 이루어지는 시기와 관련한 내용도 참고할 수 있습니다. 「여름 휴가 끝나고 세무조사 통지, 왜 이 시기에 많을까요」에서는 휴가철 이후 세무조사 통지와 관련해 살펴볼 사항을 정리했습니다.

자주 묻는 질문(FAQ)

Q. 매출 얼마부터 법인 세무조사가 나오나요?

매출액만으로 세무조사 여부가 결정되지는 않습니다. 연간 수입금액 2,000억 원 이상 법인은 원칙적으로 5년 주기 순환조사 대상이며, 상호출자제한기업집단 소속 법인 등 일부 유형은 500억 원 이상부터 적용됩니다. 이 기준에 미달하더라도 신고성실도나 탈루 혐의 등에 따라 조사받을 수 있습니다.

Q. 법인 세무조사는 몇 년마다 나오나요?

모든 법인에 정해진 조사 주기가 있는 것은 아닙니다. 일정 규모 이상의 법인은 5년 주기 순환조사 기준이 적용되지만, 그 밖의 법인은 신고성실도와 장기 미조사 여부 등에 따라 선정됩니다. 구체적인 탈루 혐의가 있다면 비정기조사 대상이 될 수 있습니다.

Q. 가지급금은 연말까지 반드시 정리해야 하나요?

연말까지 반드시 전액 상환해야 하는 것은 아닙니다. 그러나 대표자 등 특수관계인에 대한 업무무관 가지급금은 인정이자와 관련 지급이자 손금불산입 문제가 발생할 수 있습니다. 결산 전에는 가지급금 발생 경위와 잔액, 인정이자 계산 및 상환 내역을 확인해야 합니다.

법인 세무조사, 사전진단이 필요한 이유

세무조사에 대비할 때는 단순히 자료를 모으는 것보다 어떤 거래가 쟁점이 될 수 있고, 세무상 어떻게 판단될 가능성이 있는지 미리 파악하는 것이 중요합니다.

이를 위해서는 신고내용과 실제 거래를 함께 검토하고, 문제가 예상되는 부분에 대해 필요한 소명자료와 대응 방향을 정해야 합니다.

청담택스매니지먼트는 국세청 조사국·서울지방국세청 조사4국 출신 세무사들의 실무 경험을 바탕으로 법인의 세무 위험을 진단하고, 조사 과정에서 발생할 수 있는 쟁점에 대한 대응 방안을 검토합니다.

실제로 대형 고객사의 세무조사 대응 과정에서 세금 부담을 30% 절감한 사례도 있습니다. 이는 개별 사건의 성과이며, 모든 사건에서 동일한 결과를 보장하는 것은 아닙니다.

이미 세무조사 통지서를 받았다면 「세무조사 통지서를 받으면 즉시 해야 할 5가지」에서 초기 대응 방법을 확인할 수 있습니다.

조사 통지 전 사전진단이 가장 저렴한 대응입니다.

우리 회사의 세무 위험을 미리 확인하고 싶다면 청담택스매니지먼트의 사전진단 상담을 신청해 보시기 바랍니다.

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본 콘텐츠는 「국세기본법」 및 같은 법 시행령의 세무조사 대상 선정·절차 관련 규정, 「법인세법」 및 같은 법 시행령의 가지급금 인정이자, 업무무관비용, 기업업무추진비, 부당행위계산 부인 및 자기주식 관련 규정, 「부가가치세법」의 매출 신고·세금계산서 관련 규정, 「상속세 및 증여세법」의 일감 몰아주기 증여세 규정, 국세청의 법인 세무조사 안내 자료와 2026년 세제개편안 및 관련 예규·해석사례 등을 바탕으로 작성되었습니다.