비상장주식 양도 전 준비 안 해 세금 폭탄 맞은 사례

비상장주식을 가족에게 양도할 때 가장 주의해야 하는 것은 거래가격입니다.

액면가가 1주당 5,000원이라고 해서 5,000원에 양도해도 되는 것은 아닙니다.

비상장주식은 거래소에서 형성되는 시장가격이 없는 경우가 많아 회사의 손익과 자산 등을 반영한 세법상 주식가치를 별도로 검토해야 하기 때문입니다.

특히 부모와 자녀 등 특수관계인 사이에서 시가보다 낮은 가격으로 주식을 거래하면 주식을 판 사람에게는 양도소득세가 다시 계산될 수 있고, 주식을 산 사람에게는 저가양수에 따른 증여세가 발생할 수 있습니다.

실제로 이번 의뢰인도 가업승계를 위해 부모의 비상장주식을 이전하는 과정에서 별도의 시가 평가 없이 액면가를 거래가격으로 정했습니다.

주식매매계약서를 작성하고 실제 대금까지 지급했기 때문에 큰 문제가 없을 것으로 생각했지만, 이후 세무 검증 과정에서 세법상 평가액과 실제 거래가액에 큰 차이가 있다는 사실이 문제가 됐습니다.

이번 비상장주식 양도세 사례를 통해 액면가 양도가 왜 예상하지 못한 세금으로 이어졌는지, 그리고 주식 평가 과정에서 어떤 부분을 다시 검토했는지 살펴보겠습니다.

의뢰인 보호를 위해 사실관계와 금액을 일부 재구성한 사례입니다.

사례 핵심 요약

항목	내용
의뢰인	가족 운영 비상장법인 2대 주주
거래 목적	가업승계를 고려한 가족 간 지분 이전
양도 주식	12,000주
실제 거래가격	액면가 1주당 5,000원
총 양도가액	6,000만원
최초 세무상 평가액	1주당 약 42,000원
평가액 기준 주식가액	약 5억400만원
거래가액과 평가액 차이	약 4억4,400만원
최초 추가 세부담	양도소득세·증여세 등 약 1억4천만원 수준
대응	평가기준일·평가항목 재검토 및 관련 자료 소명
조정 결과	약 2,500만원 상당 세부담 감소

핵심은 실제 대금을 지급했더라도 거래가격이 세법상 주식가치보다 현저히 낮다면 양도자와 양수자 모두에게 추가 세금이 발생할 수 있다는 점입니다.

이 사례에서는 거래 전 비상장주식 평가를 하지 않은 것이 문제의 시작이었습니다.

의뢰인이 처한 상황 - "액면가로 정상적으로 사고팔았는데 문제가 되나요?"

A씨는 부모님께서 오랫동안 운영해 온 비상장법인의 2대 주주였습니다.

향후 가업승계를 준비하면서 가족들의 지분을 정리할 필요가 있었고, 부모님이 보유하고 있던 주식 가운데 12,000주를 A씨가 양수하기로 했습니다.

당시 회사 주식의 액면가는 1주당 5,000원이었습니다.

가족들은 외부에서 주식이 거래된 사례가 거의 없는 가족회사였고, 액면가와 세법상 주식가치가 크게 달라질 수 있다는 점까지는 생각하지 못했습니다.

그래서 별도의 주식가치 평가 없이 액면가를 거래가격으로 정했고, 결국 1주당 5,000원, 총 6,000만원에 주식을 양도했습니다.

주식매매계약서도 작성했고 실제 양도대금도 지급했습니다.

그렇기에 A씨 역시 부모님께 실제로 6,000만원을 지급했기 때문에 증여가 아닌 정상적인 매매라고 생각했습니다.

문제는 거래 전에 현재 회사 주식이 세법상 얼마로 평가되는지 확인하지 않았다는 것입니다.

가족 간 비상장주식 거래에서는 계약서를 작성하고 실제 대금을 지급했는지만 확인하는 것이 아닙니다. 얼마에 거래했는지, 그 가격이 세법상 시가와 비교해 적정한지도 검토해야 합니다.

문제가 된 점 - 액면가 양도의 함정

세무 검증 과정에서 가장 먼저 문제가 된 것은 6,000만원이라는 거래가격이었습니다.

거래 당시에는 액면가를 기준으로 주식을 양도했지만, 세무상으로는 액면가가 아니라 세법상 인정되는 시가가 있는지, 시가를 확인하기 어렵다면 보충적평가방법에 따른 주식가치가 얼마인지를 확인하게 됩니다.

이 사례에서는 거래 당시 객관적인 시가로 인정할 만한 거래가 확인되지 않았고, 이후 세무 검증 과정에서 회사의 손익과 자산 등을 반영한 보충적평가방법에 따라 주식가치가 산정됐습니다.

그 결과 최초 세무상 평가액은 1주당 약 42,000원으로 계산됐습니다.

12,000주를 기준으로 하면 약 5억400만원입니다. 실제 거래가액 6,000만원과 비교하면 약 4억4,400만원의 차이가 발생한 것입니다.

A씨 가족은 실제로 6,000만원을 지급하고 주식을 정상적으로 사고팔았다고 생각했습니다. 하지만 세법상으로는 약 5억원으로 평가되는 주식을 그보다 훨씬 낮은 가격에 거래한 상황이 됐습니다.

특히 부모와 자녀는 세법상 특수관계인에 해당하기 때문에 비상장주식을 시가보다 낮은 가격으로 거래할 경우 양도자에게는 양도소득세, 양수자에게는 증여세 문제가 각각 발생할 수 있습니다.

먼저 주식을 양도한 부모에게는 부당행위계산 부인 규정 적용 여부가 문제가 됐습니다.

특수관계인에게 비상장주식을 시가보다 낮은 가격으로 양도한 경우에는 실제 거래가액이 아닌 세법상 시가를 기준으로 양도소득세가 다시 계산될 수 있습니다.

이 사례에서는 실제 양도가액은 6,000만원이었지만, 세무상 주식가치는 약 5억400만원으로 평가됐습니다.

양도소득세를 계산하는 양도가액이 높아지면 부모가 과거에 주식을 취득한 금액과의 차이인 양도차익도 커지고, 그만큼 추가로 부담해야 할 양도소득세가 발생할 수 있습니다.

즉, 부모 입장에서는 실제로 받은 돈은 6,000만원인데 양도소득세는 이보다 훨씬 높은 세법상 주식가치를 기준으로 다시 계산될 수 있다는 점이 문제가 됐습니다.

반대로 주식을 양수한 A씨에게는 저가양수에 따른 증여세 문제가 발생할 수 있었습니다.

세법에서는 특수관계인으로부터 재산을 시가보다 낮은 가격으로 취득해 일정 기준 이상의 경제적 이익을 얻은 경우, 그 이익의 일부를 증여받은 것으로 보아 증여세를 과세할 수 있습니다.

이 사례에서는 약 5억400만원으로 평가된 주식을 6,000만원에 취득했기 때문에 세법상 평가액과 실제 지급한 금액의 차이가 약 4억4,400만원에 달했습니다.

A씨가 부모님에게 실제로 주식 대금을 지급했더라도, 이처럼 시가보다 현저히 낮은 가격으로 주식을 취득하면서 얻은 이익에 대해서는 별도의 증여세 문제가 발생할 수 있었던 것입니다.

여기서 중요한 것은 부모에게 적용되는 양도소득세와 A씨에게 적용되는 증여세의 판단 기준이 서로 다르다는 점입니다.

따라서 가족 간 비상장주식 거래에서는 단순히 “증여가 아니라 돈을 주고 샀으니 괜찮다”고 판단해서는 안 됩니다.

거래 전에 주식의 세법상 가치를 확인하고, 정하려는 거래가격을 기준으로 양도자와 양수자에게 각각 어떤 세금이 발생할 수 있는지 계산해볼 필요가 있습니다.

비상장주식의 시가와 보충적평가방법, 가족 간 저가양도 시 적용되는 구체적인 기준은 「비상장주식 양도, 함부로 하면 안 되는 이유」에서 자세히 확인할 수 있습니다.

청담택스가 확인한 것 - 평가 시점부터 다시 검토

이미 주식 양도가 끝난 뒤 세금 문제가 발생한 상황에서는 단순히 세금이 많이 나왔다는 이유만으로 과세금액을 줄일 수 없습니다.

청담택스매니지먼트가 먼저 확인한 것은 최초 산정된 주식가치가 거래 당시 상황을 기준으로 적정하게 계산됐는지였습니다.

이번 비상장주식 평가 사례에서도 최초 평가 결과만 보는 것이 아니라 평가기준일과 주식가치 계산에 반영된 항목을 다시 확인하고, 객관적인 자료를 통해 소명할 수 있는 부분이 있는지를 단계별로 검토했습니다.

1단계: 평가기준일과 적용 재무자료 확인

가장 먼저 주식 양도일을 기준으로 평가기준일과 평가에 사용된 재무자료가 적정한지 확인했습니다.

비상장주식은 평가 시점에 따라 회사의 손익과 자산 상황이 달라질 수 있고, 이는 최종 주식가치에도 영향을 미칠 수 있습니다.

따라서 거래 당시 적용해야 할 평가기준일을 확인하고, 최초 평가에 사용된 재무자료가 당시 회사 상황을 제대로 반영하고 있는지를 살펴봤습니다.

2단계: 주식가치에 반영된 항목 재검토

다음으로 순손익가치와 순자산가치를 계산하는 과정에서 반영된 항목을 다시 살펴봤습니다.

비상장주식의 보충적평가는 회사의 손익과 자산을 토대로 이루어지기 때문에, 어떤 금액이 반영됐는지에 따라 최종 평가액에도 차이가 생길 수 있습니다.

최초 주식평가 자료와 회계자료를 비교하면서 당시 사실관계와 다르게 반영됐거나 추가 확인이 필요한 부분이 있는지 검토했습니다.

3단계: 소명자료 확보 및 세액 재검토

재검토가 필요한 항목이 확인됐다고 해서 바로 평가액이나 세금이 달라지는 것은 아닙니다. 해당 부분을 왜 다르게 반영해야 하는지 객관적인 자료로 설명할 수 있어야 합니다.

이에 따라 거래 당시의 회계자료와 관련 증빙을 확인해 소명 가능한 부분을 정리하고, 이를 반영했을 때 주식 평가액이 어떻게 달라지는지 다시 계산했습니다.

이후 부모에게 적용되는 양도소득세와 A씨에게 발생할 수 있는 증여세가 각각 어떻게 달라지는지도 함께 검토했습니다.

청담택스매니지먼트는 비상장주식 세무 문제에서 최초 평가액만 볼 것이 아니라 평가기준일과 계산 근거, 당시 사실관계, 이를 입증할 수 있는 자료까지 함께 확인하는 것이 중요하다고 봅니다.

결과 - 약 1억4천만원 수준 추가 세부담에서 약 2,500만원 조정

최초 검토 결과 부모의 양도소득세 재계산과 A씨의 저가양수에 따른 증여세 등을 합해 약 1억4천만원 수준의 추가 세부담이 산정된 상황이었습니다.

청담택스매니지먼트는 앞서 확인한 평가기준일과 주식가치 계산자료를 토대로 재검토가 필요한 부분을 정리하고, 당시 사실관계를 입증할 수 있는 자료를 확보해 소명했습니다.

그 결과 최초 평가에 반영됐던 일부 금액이 조정되면서 주식 평가액과 이에 따른 세금도 다시 계산됐습니다.

최종적으로 최초 산정된 추가 세부담에서 약 2,500만원 상당을 줄일 수 있었습니다.

다만 세금 문제 자체를 모두 없앨 수 있었던 것은 아닙니다. 이미 비상장주식 양도가 완료된 이후에 대응을 시작했기 때문입니다.

이 사례에서 더 중요하게 봐야 할 부분도 여기에 있습니다.

거래 전에 주식평가를 진행했다면 액면가와 세법상 평가액의 차이를 미리 확인하고, 양도와 증여에 따른 예상 세액을 비교해 보다 유리한 지분 이전 방법과 시기를 검토할 수 있었습니다.

이 사례의 시사점

이 사례의 시사점은 가족 간 비상장주식 이전은 거래가격부터 정할 것이 아니라, 이전 전에 세법상 주식가치와 예상 세액을 먼저 확인해야 한다는 것입니다.

특히 가업승계를 위해 부모의 지분을 자녀에게 이전한다면 단순히 액면가나 임의로 정한 가격을 기준으로 거래해서는 예상하지 못한 세금 문제가 발생할 수 있습니다.

주식가치를 먼저 확인한 뒤 양도와 증여 중 어떤 방식이 유리한지, 어느 시점에 지분을 이전하는 것이 적절한지를 예상 세액과 함께 비교할 필요가 있습니다.

또한 가업승계는 당장의 양도소득세와 증여세만으로 판단하기 어렵습니다. 현재 기업가치와 지분 구조뿐 아니라 향후 기업가치 변화, 경영권 이전 계획과 상속까지 고려해야 하기 때문입니다.

장기적인 승계를 준비하고 있다면 「가업상속공제란? 2026년 가업상속공제 요건·한도·사후관리 총정리」에서 가업상속공제 적용 요건과 승계 과정에서 확인해야 할 사항을 살펴보시는 것도 도움이 될 수 있습니다.

비상장주식 이전을 앞두고 있다면 무엇부터 확인해야 할까요?

비상장주식은 회사마다 기업가치와 지분 구조, 주주의 관계가 다르기 때문에 모든 거래에 동일한 방법을 적용하기 어렵습니다.

가업승계를 위한 지분 이전이라도 현재 주식가치와 부모의 취득가액, 자녀의 자금 여력, 향후 기업가치 등을 함께 살펴보면 양도와 증여에 따른 세부담이 달라질 수 있습니다.

따라서 실제 지분 이전을 준비하고 있다면 다음 항목을 구체적으로 확인해볼 필요가 있습니다.

비상장주식 이전 전 확인할 사항

여기서 중요한 것은 주식평가 결과만 확인하고 끝내지 않는 것입니다.

평가된 주식가치를 기준으로 예상 세액을 계산하고, 자금 마련과 지분 구조, 향후 승계 계획까지 고려해 적절한 지분 이전 방식과 시기를 검토할 필요가 있습니다.

여기서 중요한 것은 주식평가 결과만 확인하고 끝내지 않는 것입니다. 평가된 주식가치를 기준으로 예상 세액을 계산하고, 자금 마련과 현재 지분 구조, 향후 승계 계획까지 고려해 적절한 지분 이전 방식과 시기를 검토할 필요가 있습니다.

반면 이미 가족 간 지분 이전을 완료한 뒤 세무조사나 과세 문제가 발생했다면 확인해야 할 내용이 달라집니다.

이 경우에는 거래 당시의 주식평가 과정과 사실관계, 과세 근거를 다시 살펴보고 평가 과정에서 재검토할 부분이나 객관적인 자료를 통해 소명할 수 있는 내용이 있는지 확인해야 합니다.

세무법인 청담택스매니지먼트는 국세청 조사국 및 재산세 분야 경험을 보유한 전문가를 중심으로 거래 전 비상장주식 평가와 양도·증여 예상세액 검토부터, 거래 이후 발생한 과세 문제와 세무조사 대응까지 상황에 따라 필요한 부분을 검토하고 있습니다.

가업승계를 위해 가족에게 지분을 이전할 계획이 있거나 이미 거래를 마친 뒤 세금 문제가 발생했다면, 현재 단계에서 어떤 세무 리스크를 확인해야 하는지 점검해 보시기 바랍니다.

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본 콘텐츠는 실제 상담 사례를 바탕으로 작성되었으며, 의뢰인 정보 보호를 위해 일부 사실관계와 금액 등 세부 내용을 재구성하였습니다. 소득세법 제101조 및 같은 법 시행령 제98조(부당행위계산의 부인), 상속세 및 증여세법 제35조(저가 양수 또는 고가 양도에 따른 이익의 증여), 제63조(유가증권 등의 평가), 같은 법 시행령 제54조(비상장주식등의 평가) 등 관련 법령을 바탕으로 작성되었습니다.