세무조사 중 조사범위 확대·기간연장 통지, 어디까지 따라야 하나요 - 납세자보호담당관 활용법

세무조사가 진행되는 도중 예상하지 못했던 조사범위 확대나 기간 연장 통지를 받는 경우가 있습니다. 기존 조사 대상에 다른 사업연도가 추가되거나 조사 종료일이 늦춰지면, 기업 입장에서는 어디까지 협조해야 할지 고민될 수밖에 없습니다.

하지만 조사팀의 요구를 모두 그대로 받아들이거나 무조건 거부하는 것이 정답은 아닙니다. 중요한 것은 해당 통지가 법적으로 허용되는 범위에 있는지 확인하는 것입니다.

그렇다면 조사범위 확대와 기간 연장은 어디까지 허용되며, 부당한 통지를 받았다면 어떻게 대응해야 할까요?

이번 글에서는 2026년 기준 세무조사 범위 확대·기간 연장의 법적 기준과 납세자가 활용할 수 있는 대응 방법을 살펴보겠습니다.

조사범위 확대와 기간 연장, 조사팀 마음대로 되는 게 아닙니다

세무조사가 시작되면 조사 대상 세목과 과세기간, 조사기간이 정해집니다. 조사팀은 원칙적으로 정해진 범위 안에서 조사를 진행해야 하며, 조사 도중 이를 변경하려면 법에서 정한 요건과 절차를 따라야 합니다.

다만 조사 대상을 추가하는 것과 조사기간을 늘리는 것은 서로 다른 문제입니다. 「국세기본법」 제81조의9는 조사범위 확대를, 제81조의8은 조사기간 연장을 규정하고 있으며, 각각 적용되는 기준에도 차이가 있습니다.

예를 들어 2023~2024사업연도 법인세 조사 중 2022사업연도까지 조사 대상으로 추가한다면 조사범위 확대에 해당합니다. 반면 조사 대상은 그대로 두고 종료일만 15일 늦춘다면 조사기간 연장입니다.

조사범위 확대·기간 연장 통지서에서 확인할 4가지

통지서에는 조사범위가 넓어지거나 기간이 늘어난다는 사실뿐 아니라, 그 이유와 변경 내용도 명확하게 제시되어야 합니다. 따라서 다음 네 가지를 중심으로 살펴볼 필요가 있습니다.

여기서 주의할 점은 다른 사업연도의 자료를 요청받았다는 사실만으로 조사범위가 정식으로 확대되었다고 볼 수는 없다는 것입니다. 기존 조사 대상 거래를 확인하기 위한 자료 요청인지, 새로운 과세기간 자체를 조사 대상으로 추가한 것인지 구분해야 합니다.

세무조사 통지서 수령부터 현장 조사와 과세예고 이후 대응까지 전체 절차가 궁금하다면 「세무조사 대응하는 방법 총정리 - 단계별 전략 가이드」를 함께 확인해보시기 바랍니다.

조사범위 확대가 허용되는 법정 사유

조사팀이 다른 사업연도나 세목까지 확인할 필요가 있다고 판단하더라도 조사범위를 자유롭게 늘릴 수 있는 것은 아닙니다. 「국세기본법」 제81조의9와 같은 법 시행령 제63조의10은 조사범위 확대가 허용되는 사유와 절차를 규정하고 있습니다.

중요한 것은 추가 조사의 필요성뿐 아니라 기존 조사에서 확인된 사실과 확대하려는 대상 사이에 구체적인 관련성이 있는지입니다.

어떤 경우에 조사범위를 확대할 수 있나요?

조사범위 확대에 필요한 승인·심의 절차는 조사 유형과 납세자 규모 등 적용 요건에 따라 달라질 수 있습니다. 따라서 법정 사유에 해당하는지뿐 아니라 필요한 절차를 거쳤는지도 함께 확인해야 합니다.

예를 들어 2023~2024사업연도 법인세 조사를 받던 기업이 2022사업연도까지 조사하겠다는 통지를 받았다고 가정하겠습니다.

이때 중요한 것은 기존 조사에서 어떤 탈루 혐의가 확인됐으며, 그 혐의가 2022사업연도와 어떻게 연결되는지입니다. 특정 사업연도의 거래에서 문제가 발견됐다는 이유만으로 모든 과거 사업연도가 자동으로 조사 대상에 포함되는 것은 아닙니다.

특히 통지서에 확대 사유가 '관련 거래의 추가 확인 필요'라고만 기재되어 있다면, 그 설명만으로는 구체적인 이유를 파악하기 어려울 수 있습니다. 이 경우 추가 조사 대상과 기존 조사에서 확인된 사실 사이의 관련성, 필요한 승인·심의 절차 등을 살펴봐야 합니다.

다만 통지서의 설명이 간략하다는 이유만으로 조사범위 확대가 곧바로 위법하다고 단정할 수는 없습니다. 실제 확대 사유와 관련 자료, 절차를 종합적으로 검토해야 합니다.

조사기간 연장은 몇 번까지, 며칠까지 가능한가요?

세무조사 기간은 납세자의 규모와 조사 유형에 따라 달라집니다. 「국세기본법」 제81조의8은 조사기간을 필요한 최소한으로 정하도록 하면서, 일정 규모 미만 납세자에 대해서는 원칙적으로 20일 이내의 조사기간을 적용하도록 규정하고 있습니다.

그렇다면 조사기간을 연장해야 하는 상황에서는 며칠까지 늘릴 수 있을까요? 연장 한도와 승인 절차 역시 납세자의 규모에 따라 달라집니다.

기본 조사기간과 연장 한도

여기서 100억 원 기준은 조사 대상 과세기간 중 연간 수입금액 또는 양도가액이 가장 큰 과세기간을 기준으로 판단합니다. 다만 납세자보호위원회 심의 대상인 중소규모납세자를 구분할 때는 부가가치세 조사에 별도의 공급가액 기준이 적용됩니다.

또한 상속·증여세 조사, 주식변동 조사 등 법률에서 정한 일부 조사에는 20일 제한의 예외가 적용될 수 있습니다.

어떤 사유로 조사기간을 연장할 수 있나요?

「국세기본법」 제81조의8은 조사기간을 연장할 수 있는 사유를 규정하고 있습니다. 주요 사유는 다음과 같습니다.

중소규모납세자 외의 납세자에 대한 조사기간 연장은 원칙적으로 납세자보호위원회 심의를 거치지만, 납세자가 직접 연장을 신청한 경우 등에는 별도의 규정이 적용됩니다.

따라서 조사기간 연장 통지를 받았다면 연장 사유가 타당한지, 필요한 절차를 거쳤는지 확인하는 것이 필요합니다. 문제가 있다고 판단되는 경우에는 납세자보호담당관을 통한 권리보호 절차를 검토할 수 있습니다.

예를 들어 조사팀이 자료 제출 지연을 연장 사유로 제시했지만 회사가 기한 내에 자료를 제출했다면, 이메일과 제출 목록, 접수 내역 등을 통해 실제 제출 시점을 확인할 필요가 있습니다.

납세자보호담당관에게 무엇을 요청할 수 있나요?

조사범위 확대나 기간 연장에 문제가 있다고 판단된다면 납세자보호담당관에게 관련 사유와 절차의 적정성에 대한 검토를 요청할 수 있습니다. 위법·부당한 조사로 권익이 침해된 경우에는 시정 조치나 납세자보호위원회 심의 등 권리보호 절차를 활용할 수 있습니다.

납세자가 활용할 수 있는 대응 수단 4가지

심의 요청 기한과 준비 사항

「국세기본법」 제81조의19에 따른 일정한 심의 사항은 세무조사 종료일까지 요청할 수 있습니다. 심의 결과는 원칙적으로 요청일부터 20일 이내에 통지되며, 법정 요건에 따라 처리기간이 달라질 수 있습니다.

위원회의 일정한 결정에 이의가 있다면 결정 통지를 받은 날부터 7일 이내 국세청장에게 취소 또는 변경을 요청할 수 있습니다.

심의를 요청할 때는 최초 조사 통지서와 확대·연장 통지서, 자료 제출 내역 등을 준비하고, 조사팀이 제시한 사유가 실제 사실관계와 어떻게 다른지 구체적으로 정리하는 것이 좋습니다.

통지서 받은 날 확인할 체크리스트

조사범위 확대 또는 기간 연장 통지서를 받았다면 다음 6가지 사항을 우선 확인해야 합니다.

체크리스트를 통해 확인한 사항은 입회 세무사와 공유하고, 필요한 자료를 함께 검토해야 합니다. 법인 대표와 재무 담당자는 통지 내용과 자료 제출 내역을 정리하고, 입회 세무사는 이를 바탕으로 조사범위 확대·기간 연장의 법적 요건과 절차를 검토할 수 있습니다. 특히 자료 요청일과 실제 제출일을 날짜별로 정리하면 조사팀이 제시한 사유의 타당성을 판단하는 데 도움이 됩니다.

세무조사 기간 연장 통지, 거부할 수 있나요?

조사범위 확대나 기간 연장 통지를 받은 후 어떻게 대응하느냐에 따라 조사 진행 과정과 결과가 달라질 수 있습니다. 주요 대응 방식별로 발생할 수 있는 결과와 필요한 조치를 정리하면 다음과 같습니다.

납세자보호위원회 심의 등을 통해 조사범위 확대나 기간 연장이 부당하다고 인정되면 조사범위 조정이나 조사 중지 등 필요한 조치가 이루어질 수 있습니다. 다만 권리보호요청만으로 조사가 자동 중단되는 것은 아니며, 관련 절차에 따른 결정이 필요합니다.

한편, 확대·연장 사유를 충분히 검토하지 않으면 추가 사업연도나 세목에 대한 조사에도 적절히 대응하기 어려울 수 있습니다. 이때 조사범위가 확대됐다는 사실만으로 추가 세금이 발생하는 것은 아니며, 실제 과세 여부는 개별 거래의 사실관계와 관련 세법에 따라 결정됩니다.

조사 진행 중 대응과 과세예고 이후 대응은 다릅니다

조사범위 확대나 기간 연장에 대한 이의제기는 조사 절차의 적정성을 다루는 반면, 조사 결과에 따른 과세 금액에 이견이 있다면 조사 과정에서의 소명이나 과세예고 이후 과세전적부심사 등을 통해 대응할 수 있습니다.

실제로 비정기 세무조사 통지 이후 조사 쟁점과 증빙자료를 검토해 예상 추징액 약 3억 2천만원을 1억 2천만원으로 줄인 사례가 있습니다. 구체적인 대응 과정은 「세무조사 추징액 감액 사례 - 비정기 조사 통지 후 어떻게 대응했나」에서 확인할 수 있습니다.

과세예고 이후에도 대응은 가능합니다. 조사 과정에서 충분히 반영되지 않은 증빙을 보완해 약 4억 3천만원의 추징예고 금액을 전액 취소한 사례는 「과세전적부심사 대응 성공 사례 – 추징세액 전액 취소 과정」에서 소개하고 있습니다.

자주 묻는 질문 및 상담 안내

Q. 조사기간이 연장되면 조사 대상 사업연도도 자동으로 늘어나나요?

아닙니다. 조사기간 연장과 조사범위 확대는 별개의 절차입니다. 조사기간이 늘어났다는 이유만으로 다른 사업연도나 세목까지 조사 대상에 포함되는 것은 아닙니다.

Q. 납세자보호담당관은 무엇을 해주나요?

납세자보호담당관은 세무조사 과정에서 납세자의 권익이 침해되지 않도록 지원하는 역할을 합니다. 조사범위 확대나 기간 연장의 적정성, 조사관의 부당한 요구 등에 대한 권리보호요청을 접수하고 검토하며, 필요한 경우 시정 조치나 납세자보호위원회 심의 절차로 연계합니다.

Q. 세무조사가 진행 중인데 세무사를 새로 선임할 수 있나요?

네. 가능합니다. 조사 도중에도 세무대리인을 선임하거나 변경할 수 있습니다. 이때 기존 통지서와 제출 자료, 조사 진행 경과를 인계하면 이후 대응에 도움이 됩니다.

범위 확대 통지서는 받은 날 검토해야 합니다

세무조사 도중 조사 대상이 추가되거나 조사기간이 연장되면 기존 조사 경과와 자료 제출 내역을 바탕으로 대응 방향을 다시 검토해야 합니다. 이 과정에서는 세법뿐 아니라 과세당국의 조사 방식과 쟁점 판단에 대한 이해도 중요합니다.

세무법인 청담택스매니지먼트는 국세청 조사팀장·과장 등을 역임한 세무 전문가들이 조사 초기 대응부터 현장 입회, 과세예고 및 조세불복까지 지원하고 있습니다.

특히 김영국 세무사는 국세청 본청 조사국, 서울지방국세청 조사4국 및 국제거래조사국 등에서 37년간 근무했으며, 종로세무서 조사과장과 역삼세무서 재산세과장을 역임했습니다. 이러한 조사 실무 경험을 바탕으로 조사팀의 자료 요구와 주요 과세 쟁점을 분석하고, 납세자의 권익을 보호하기 위한 대응 방향을 검토합니다.

청담택스매니지먼트의 구체적인 업무 범위와 지원 절차는 세무조사·조세불복 서비스 안내에서 확인할 수 있습니다.

조사범위 확대·기간 연장 통지에 대한 검토가 필요하다면 상담을 신청해 주세요.

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본 콘텐츠는 「국세기본법」 제81조의8(세무조사 기간), 제81조의9(세무조사 범위 확대의 제한), 제81조의18(납세자보호위원회), 제81조의19(납세자보호위원회에 대한 심의 요청) 및 같은 법 시행령의 세무조사 기간 연장·조사범위 확대 관련 규정, 「국세기본법 시행령」 제63조의10(세무조사 범위의 확대), 국세청의 세무조사 절차 및 납세자 권리보호 안내 자료, 납세자보호담당관의 권리보호요청 처리와 납세자보호위원회 심의 관련 규정, 조사 일시중지·중지 및 세무조사 연기 관련 규정과 관련 예규·해석사례 등을 바탕으로 작성되었습니다.